皇岗口岸站总长1104米，标准段宽75．75米，基坑深度为37．5米～46．3米，采用明挖法＋暗挖法＋盖挖逆作法综合施工工法。
面对流动人员多、待拆除建筑距建筑物较近、施工噪声和粉尘等干扰影响，有关参建单位作出多项有效应对措施：
施工全过程采用洒水车及雾炮车洒水降尘，施工围挡内侧搭设6米高防护排架，满布密目网防尘，确保符合扬尘防治相关要求。
穗莞深城际前皇段线路起于穗深城际前海站（不含），止于皇岗口岸站，正线公里，动走线单线公里，全线地下敷设，设超级总部站、皇岗口岸站2座地下站及中心公园存车场1处，线公里。
